就病原体的治疗而言,目前临床上最常用且成效最好的药物是吡喹酮，这种药物以口服方式给予，具有显著的杀灭病原体的效果，需要强调的是，吡喹酮的治疗效果并非单靠药物本身就能达成，而是需要在科学的用药时间、用药剂量基础上，结合患者的具体病情来决定是否采用。
在临床实践中,医生会根据患者的具体症状和病情，制定针对性的治疗方案，对于急性血吸虫病患者来说，最为常见的治疗思路是：首先要通过退热用药来缓解体温过高引起的不适，接着要通过补液和纠正酸碱平衡紊乱、电解质紊乱等方面来稳定患者的生命体征，这种治疗思路既考虑到了急性病期患者的生命危险性，又兼顾了对病原体的全面清除。
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