《仙剑5前传》的结局是主角夏侯瑾轩与队友们历经千辛万苦，最终击败了幕后黑手谢衣，并揭露了其真实身份为夏侯瑾轩的义父，在战斗结束后，夏侯瑾轩选择放弃皇位，与青石、红叶等人一同离开皇城，前往江湖中继续他们的冒险，整个故事以夏侯瑾轩的成长和选择为主线，展现了友情、爱情、责任和牺牲等主题，同时也为《仙剑》系列的故事线留下了伏笔。
在《仙剑5前传》的结局中，净天教遭遇了四大家族与蜀山派的联合围攻，最终失陷，姜世离被无情地封印，血手则带着神农鼎逃往魔界，却在途中被青石、玉书所击败。
唐风心怀不舍地将自己的女儿唐雨柔托付给了草谷，希望她能得到救治，夏侯家因两位门主的离世与少主的失踪而逐渐衰败，最终由远房亲戚接管，皇甫卓挺身而出，成为了皇甫门的新任门主，并给予了欧阳家有力的支持，欧阳倩选择隐居于苍木山，为她的孩子取名姜云凡,寓意着对未来的期许与希望。
而暮菖兰，她一直在等待着夏侯瑾轩与瑕的归来，她的心中充满了对他们的思念与期盼，当她再次踏上司云崖，准备看望他们时，突然间，背后传来了匆匆的脚步声……故事在此戛然而止,留给读者无尽的遐想与感慨。
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